Sauron a l'idée de fortifier le Mordor vers l'an 1000 du Second Âge, car il redoute la puissance núménóréenne. Il décide de créer sa forteresse principale près de ses forges d'Orodruin. La Tour est construite seulement après six cent années de labeur de la part des Orques, mais ses proportions magistrales sont aussi dues au pouvoir de Sauron qui, par l'intermédiaire de l'Anneau Unique, a enchanté les fondations pour les rendre indestructibles.
Or, finalement, une grande armée vient de Númenor et se prépare à assiéger Barad-dûr. Sauron sait qu'il ne peut pas gagner la victoire par les armes de ses serviteurs, car, suite aux guerres contre les Elfes, leur nombre s'est affaibli. Il décide d'user de la ruse pour éviter un véritable siège et conserver son trône. Il abandonne Barad-dûr intentionnellement en 3262, dans le but de formenter une rébellion à Númenor. Il réussit et Númenor est ravagée, mais Sauron perd son apparence corporelle pour un temps à la suite du cataclysme et se réfugie, sous forme d'esprit seulement, en Mordor.
En 3434, la Dernière Alliance des Elfes et des Hommes attaque le Mordor. La bataille de Dagorlad se résume par une défaite de Sauron qui fait rassembler ses troupes à Barad-dûr. Le siège de la tour dure sept ans. Après la défaite de Sauron, Barad-dûr est rasée, mais ses fondations, bâties grâce au pouvoir de l'Unique, restent en place.
En 2951 du Troisième Âge, Sauron entreprend de reconstruire la tour.