Sa fondation remonte aux premiers âges de la Terre du Milieu, lorsque Durin Trompe-la-Mort s'établit dans les cavernes naturelles qui surplombaient le Kheled-zâram, sur le versant oriental des Monts Brumeux. Ses successeurs étendirent la cité vers l'ouest, suivant la veine de mithril qui s'enfonçait sous le Caradhras, jusqu'à atteindre l'autre versant des Monts Brumeux, probablement au cours du Second Âge.
La Moria connut son apogée artistique et économique durant la première moitié de cet âge, grâce à l'afflux de réfugiés de Nogrod et Belegost, cités naines des Montagnes Bleues détruites lors de la destruction du Beleriand, ainsi que grâce aux échanges réalisés avec les Noldor qui peuplaient alors l'Eregion. La porte ouest de la Moria témoigne de cette amitié : elle fut réalisée avec l'aide des forgerons d'Eregion, et on peut y lire le nom de l'Elfe Celebrimbor. Lorsque Sauron détruisit ce royaume, en 1697 S.A., ce n'est que grâce à l'armée naine qu'envoya Durin III qu'Elrond parvint à s'échapper pour fonder le refuge caché de Fondcombe. Quand les forces du Mordor abandonnèrent la poursuite d'Elrond pour se retourner contre la Moria, ils trouvèrent ses portes hermétiquement closes ; de là date la profonde inimitié que voua Sauron aux Nains. Ceux-ci combattirent encore le Mordor aux côtés de Gil-galad et Elendil lors de la guerre de la Dernière Alliance, qui conclut le Second Âge.
Khazad-dûm restait opulente, mais sa population avait commencé à décroître. La veine de mithril s'enfonçait de plus en plus profondément sous le Caradhras, et en creusant de plus en plus profondéments, les Nains finirent par libérer, en l'an 1980 T.A. une créature maléfique d'une grande puissance : un Balrog, qui s'était terré ici après la chute de Morgoth à la fin du Premier Âge. Il tua le roi Durin VI, et l'année suivante son fils Náin. Les Nains n'eurent d'autre choix que de fuir leur cité, qui resta entre les mains du Balrog et, par la suite, des Orques que Sauron y installa. Après la grande guerre des Nains et des Orques (2793 - 2799 T.A.), qui aboutit à l'éradication presque totale des Orques des Monts Brumeux, Thain fils de Thrór, l'héritier légitime de Durin, voulut réoccuper la Moria, mais il lui fut sagement répondu que tant que le Balrog la hanterait, les Nains ne pourraient y revenir. Son cousin Dáin lui dit :
« Mais nous n'entrerons pas à Khazad-dûm ; et toi non plus, tu n'entreras pas à Khazad-dûm. Je suis le seul dont le regard ait percé l'Ombre de la Porte. Au-delà de cette Ombre, elle est là, qui toujours t'attend : la Malédiction de Durin. Il faudra que le monde subisse de grands changements et que s'érige un pouvoir autre que le nôtre avant que le Peuple de Durin puisse de nouveau occuper la Moria. »
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Ven 13 Juil - 2:20
